王瑤和王元化都是20世紀中國學術史上的重要人物。他倆最初在國務院學位委員會學科組會議上結識，后來編大百科全書時又經常在一起，這樣就逐漸熟悉起來。1987年王瑤以“近現代學者對中國文學研究的貢獻及其經驗”為題申報國家社科基金獲批，計劃選取梁啟超、王國維、魯迅、胡適、錢鍾書、王元化等作為研究對象，認為他們在繼承傳統治學精神的同時又汲取西方學術觀念和方法，從而推動了古典文學研究的轉型。王瑤堅持以王元化殿后，認定其在觀點及方法上皆具前瞻性，居于繼往開來之地位。

但王元化一章的寫作卻一波三折。最初考慮的人選是勞承萬，但勞說他古典文學修養淺陋恐難寫好。于是王元化邀請牟世金來承擔，但牟不幸于1989年6月英年早逝。后馬白接任牟的《文心雕龍》學會秘書長一職，王元化乃另換馬白來寫。完稿后，王元化覺得不甚滿意。認為一是寫成了評傳性質，吹捧過頭，二是對其《文心雕龍》研究評價著墨甚少，恐有違王瑤初衷。兜了一圈，最終還是又找勞承萬來承擔。初稿完畢后，還請勞專門來滬改稿，王元化親自參與斟酌審定。

1989年冬，王瑤帶病參加祝賀巴金八十誕辰暨學術研討會，開幕式發言時不能支撐，被緊急送醫。后在王元化協調下轉入上海華東醫院。王元化第一次去探訪時，王瑤表示好了后要去他家。但第二次去探望時王瑤做了氣管切開手術，雖然頭腦清醒，卻無法說話了。王瑤辭世后，王元化在紀念文章里借用前人悼亡詩表達自 己的塊壘。這便是林則徐悼王鼎(《哭故相王文恪公》)的詩句：“衛史遺言成永憾，晉卿祈死豈初心。”后來，王元化在致張少康的信中寫道：“王瑤先生逝世，諒已獲悉，紀念文集不知見到否？ 其中拙文吞吞吐吐寫了一些哀思和感慨，我覺得他死去是一大損失。”

王瑤與王元化之間的神交及其學術友誼，可能由這幾個方面鑄就：

首先是思想立場的相近。兩人年輕時都是左翼知識分子，而晚年對激進主義思潮皆有深切的反思。1986年當是王瑤晚年思想轉化的一個節點，預示著其獨立人格的覺醒。錢理群說，“一個人的生命是有爆發點的。王瑤先生在生命最后的時刻，將他自己以及中國知識分子的精神、正氣全部爆發出來，那是驚天動地的，至今我還感受到那樣一種震撼力。”而王元化抉心自食、鳳凰涅槃式的三次反思，使其躋身重要的思想史人物之列。特別是上世紀90年代的第三次反思，關涉反思五四和反思盧梭《社會契約論》兩大重要公共命題。某種意義上可以說，沒有第三次反思，就沒有作為思想家的王元化。

其次，兩人有著相似的學術趣味和學術理念。王瑤以《中古文學史論》名世，對魏晉玄言沉潛往復，從容含玩。魏晉玄學辨名析理，善作概念分析與推理。而王元化的文心雕龍研究以及各類思辨札記，與之也不無關聯。兩人為何皆服膺“魏晉風度”？ 除了學問與言辭之外，可能更重要的是其背后特立獨行的風骨。兩人皆受魏晉風骨、五四精神熏染，而且皆與魯迅有著深度的精神感應。況且，兩人的志向都不僅僅是以做象牙塔里的學者為滿足。王瑤即便寫魏晉文人的《中古文學史論》，也不是純粹的為學術而學術，背后還隱含著現實關懷和憂世意識。王元化則更是“憂道”中人，晚年力倡“有思想的學術，有學術的思想”。在學術理念方面，王元化以熊十力提出的“根柢無易其固，而裁斷必出于己”作為治學方法。意識到乾嘉學派訓詁考據的重要性，“根柢無易其固”；同時又呼吁在中國固有學術傳統基礎上進行新的闡發，“裁斷必出于己”，承繼了王國維《紅樓夢評論》等開創的“外來觀念與本土文獻相互釋證”的學問傳統。王瑤晚年首次提出“釋古”與清華學風，認為聞一多、朱自清等人既承清儒治學之實事求是而注重考據，但又不拘泥于考據，考據的目的是為了更好地進行理論闡釋，即所謂“清華學派”。此說與王元化的看法庶幾近之。

王元化與王瑤的惺惺相惜，也源于對清華園的共同記憶及對清華學術精神的高度體認。王元化的父親是清華教授，他的童年時光是在清華南院度過的。晚年用“清園”作為自己的書齋號，著述多以清園冠名，可見情感之深厚。王瑤則出身清華，一直追隨著朱自清、聞一多從學，親承音旨，學科奠基之作《中國新文學史稿》也完成于清華園。王元化1997年的日記寫道：“友人王瑤雖然在院系調整時被并入北大，但他始終聲稱他是‘清華人’。”臨去世那年的訪談中王元化還念念不忘：“王瑤生前對我說過，他后來院系調整，從清華大學分配到北大教書，但是他并不認為自己是北大人，而是清華人。這句話也含有對治學態度的看法，具體說就是要堅持自由思想和獨立精神。”