《回鶻摩尼教研究》是回鶻學、摩尼教研究專家楊富學推出的第一部專題研究摩尼教的論著。在當代中國摩尼教研究中，楊富學屬于新銳，其研究以回鶻文摩尼教寫本及霞浦摩尼教文獻為主。如該書所收的漢譯《牟羽可汗入教記》，對柏孜克里克石窟新發現摩尼教文書殘片的翻譯研究，對《樂山堂神記》《摩尼光佛》《冥福請佛文》《點燈七層科冊》等文獻的校錄與證史等。有些回鶻語文獻屬于首次漢譯，為國內摩尼教研究者提供了極大便利。

《回鶻摩尼教研究》一書先后探討了摩尼教的勃興及東漸史、回鶻牟羽可汗之歸宗摩尼教、漠北回鶻諸可汗對摩尼僧的尊崇、高昌與河西回鶻的摩尼教盛衰史、回鶻摩尼寺的形成及其功能的異化、摩尼教在漢地及回鶻的消亡時間及原因、回鶻摩尼僧呼祿法師之開教福建、摩尼教對回鶻文化的影響，及絲綢之路上摩尼教與佛教、薩滿教的交融互鑒等，材料詳實，論證周密。

《回鶻摩尼教研究》一書體現了楊富學治學“三新”：搜求新材料、聚焦新動態、提出新觀點。

在該書第二章《回鶻皈依摩尼教若干文獻譯釋》中，楊富學引德國人茨默發表于2009年的《有關摩尼教開教回鶻的一件新史料》，得出摩尼教傳入回鶻不僅是睿息等4位洛陽摩尼教僧侶之力，也是從吐火羅遠道而來的3位慕阇（摩尼教5個等級中最高級別的稱號）之功的結論，顛覆了過去摩尼教研究界的部分共識。

注重對新材料的解讀與研究是該書最大優點之一。如其針對意見紛紜的“回紇”更名“回鶻”的時間，以西安大唐西市博物館新入藏的《回鶻米副使墓志》為證，認定貞元四年（788年）之說是接近事實的。而對福建霞浦新發現摩尼教文獻的運用，也是全書的一大亮點。霞浦摩尼教文獻于2008年后陸續發現，為華化摩尼教的珍貴孑遺，具有特別重要的文獻與學術價值，對于摩尼教研究有著巨大意義。

該書第八章《回鶻摩尼寺的形成及其功能的異化》與第十章《摩尼教開教福建及相關問題》，以吐魯番摩尼教寺院文書及霞浦文獻《樂山堂神記》為例證，對回鶻摩尼教僧侶何以違背教規開宗立寺、經商蓄財以至巧取豪奪作了詳盡研究與解析，認為這也是摩尼教入鄉隨俗的表現——中原的佛教寺院為其作了表率。正如《樂山堂神記》所示，摩尼教一入閩，立刻積極靠攏道教及當地民間信仰，將道教諸神如玉皇大帝、三清、雷部諸將以及當地崇信的臨水夫人等，皆引入其教神譜，一同祭拜。

通過對《樂山堂神記》等文獻的解讀，該書還對以前學界懸而未解的疑點，諸如摩尼教是從陸路還是海路入主福建、開教三山的問題作了明確解答：從霞浦摩尼教文書與敦煌《下部贊》的大面積重合，可知其與敦煌摩尼教為同源關系，而其華化更為明顯，故知其由中原傳入。關于呼祿法師（即霞浦文書中的“胡天尊”），楊富學指出，其名所對應的并非學界一直以為的呼嚧喚（摩尼教一般選民），而是回鶻詞語的音譯，意為“吉祥”。

該書在回鶻學多領域都有拓荒之舉，而對一些老生常談的問題也提出新解。如會昌滅法，學界多認為三夷教（祆教、景教、摩尼教）之遭毀是受到佛教影響所致。該書則認為，是唐武宗本意在于滅回鶻摩尼教，在寺院中獲得大量財富后，才延及佛教等。至于唐武宗何以先拿摩尼教開刀，該書將其歸因于回鶻在中原建立的摩尼教寺院功能出現了異化，已變成盤剝漢人、聚斂財富的處所。而摩尼教在華又打著佛教的幌子，使武宗極為不滿。雖不敢言事實必定如此，然確實合于摩尼教在華傳教的實情。類似于此的舊說新解或新開拓點，書中比比皆是。

當然，或宥于時間及篇幅所限，部分論題未能充分展開。如第五章第三節《米副使墓志所見唐代回鶻之摩尼教》判定墓主身份為回鶻摩尼僧，認為其未有教姓教名，可以娶妻生子是與景教僧侶的大不同，非常有見地，令人耳目一新。但對于其何以違背摩尼教不許婚娶的教義（摩尼教以為光明分子被囚禁在人體內，如人婚配生子則將被永遠囚禁下去，故應不婚不娶，使人類絕滅則光明分子可悉得解脫）并未作出解釋或推斷，不免有意猶未盡之感。

國學大師陳寅恪曾云，“一時代之學術，必有其新材料和新問題。取用此材料，以研求問題，則為此時代學術之新潮流。治學之士，得預于此潮流者，謂之預流。”觀楊富學《回鶻摩尼教研究》一書之“三新”特性，堪為典范。